一体式纯化水设备系统开启运行后，原水首先经原水电阀进入原水储罐，此后由增压泵加压，进入预处理系统进行过滤，再经由高压泵进入RO系统。此过程为了确保反渗透(RO)系统的进水要求(污染淤塞指数SDI≤5、余氯<0.1mg/L等)，预处理系统一般采用多介质滤器、活性炭滤器、软化器组成，有效保障预处理水质。
预处理系统当中的多介质滤器可去除水中悬浮物及胶体等，活性炭滤器能有效去除水中余氯、低分子有机物、脱色及异味，软化器降低原水硬度，有效保障预处理系统能达到预期的处理效果。原水经过预处理之后流入保安过滤器再经RO、EDI脱盐，从而达到符合新版GMP和药典对纯化水的要求。
一体式纯化水设备系统部件和设计原理：
（1）原水罐
原水罐起到缓冲作用，因自来水流量、压力不稳定，影响设备稳定运行；原水罐上的清洗喷淋球主要为了防止罐体上封头氯气腐蚀；呼吸器可防止虫鼠进入原水罐。
（2）多介质过滤器
多介质过滤器可以去除>10μm悬浮物及颗粒，当流速越慢，过滤效果越好。系统设有正洗、反洗、产水三种运行模式当系统过滤悬浮物及颗粒过多，运行压差大于0.05MPa时，需要进行反洗，把过滤的悬浮物及颗粒反冲洗排放。多介质过滤器产水SDI值要求≤5。
（3）双软化器
双软化器可降低原水硬度防止反渗透膜表面过快结垢。软化器产水硬度≤3mg/l。
系统设有正洗、反洗、产水 、再生四种运行模式，树脂吸附达到饱和状态时，先反洗、吸盐再生、正洗。由于软化器再生时需要运行2~3个小时，系统设计双软化器可实现串联运行、交替再生，即当一个软化器处于再生模式，另一个处于产水模式，不影响整个设备的产水量。
（4）活性炭过滤器
活性炭过滤器作用在于吸附原水中的有机物、氧化剂，保护RO膜不被氧；系统设有正洗、反洗、产水三种运行模式；需要定期巴氏消毒，防止微生物滋生；活性炭过滤器产水余氯值≤0.05mg/l。
（5）RO系统
RO系统主要是过滤水中盐份及离子，一般一级RO产水电导
（6）EDI系统
EDI系统的作用是去除RO产水中微量离子，要求产水电导
